Je nach Beschwerden unterscheiden sich Nasensprays in der Anwendung. Bei einer Erkältung sollten abschwellende Nasensprays wegen einer eventuellen Schädigung der Nasenschleimhaut nur kurzfristig unter ärztlicher Aufsicht angewendet werden. Meist wird sollte die Anwendungsdauer bei ca. einer Woche liegen, dass Spray in regelmäßigen Abständen drei mal täglich verwendet und nach dieser Zeit wieder abgesetzt werden.

Nasensprays zur Behandlung von Allergien und Heuschnupfen sind meist regelmäßig während der Allergiesaison zu verwenden, da sich deren Wirkung langsam aufbaut. Bei Allergien und Heuschnupfen unterscheidet man z. B. zwischen kortikoidhaltigen, antihistaminikumhaltigen und cromoglicinsäurehaltigen Nasensprays. Nasensprays zur Behandlung von Allergien sollten ebenfalls regelmäßig über den Tag verteilt in die Nase eingesprüht werden, um die Wirkung des Medikaments zu gewährleisten. Von einer Anwendung allein nach Bedarf ist abzuraten, da sich hierbei oftmals keine Wirkung aufbaut und Patienten nach mehreren Versuchen letztendlich doch verzweifelt zu einem abschwellenden Spray greifen. Bei Allergiesprays sollte jedoch beachtet werden, dass dieses nach dem Aufhören der Beschwerden, meist mit Ende der jeweiligen Pollenflugperiode, wieder abgesetzt wird, um eine unnötige weitere Einnahme zu vermeiden. Aufschluss über die allergischen Stoffe kann ein entsprechender Test beim Arzt geben. Alternativ eignen sich bei Allergien auch isotonische Nasenspülungen oder Sprays mit Meersalz, die die Allergene gezielt aus den Schleimhäuten ausschwemmen.